Սիլիկոնային կաուչուկի պոլիմերային մոլեկուլները շղթայական-նման կառուցվածքներ են, որոնք ձևավորվում են Si-O (սիլիկոն-թթվածին) կապերով, և դրանց հիմնական բաղադրիչը բարձր մոլային զանգվածի գծային պոլիսիլոքսանն է։ Քանի որ Si{4}}O-Si կապը նրա հիմնական կապի տեսակն է, սիլիցիումի ատոմները հիմնականում կապված են մեթիլ խմբերի հետ, և շատ փոքր քանակությամբ չհագեցած խմբեր են ներմուծվում կողային շղթաների վրա:
Միջմոլեկուլային ուժերը փոքր են, իսկ մոլեկուլներն ունեն պտուտակավոր կառուցվածք։ Մեթիլային խմբերը դասավորված են դեպի դուրս և կարող են ազատ պտտվել, ինչը ստիպում է սիլիկոնային կաուչուկին ավելի լավ ջերմակայունություն, էլեկտրական մեկուսացում, քիմիական կայունություն և այլն, քան մյուս սովորական ռետինները:
Տիպիկ սիլիկոնային կաուչուկը, այն է՝ պոլիդիֆորմալդեհիդ սիլոքսանը, ունի պարուրաձև մոլեկուլային կոնֆիգուրացիա՝ համեմատաբար փոքր միջմոլեկուլային ուժերով, այդպիսով ունենալով գերազանց առաձգականություն: Միևնույն ժամանակ, ֆորմալդեհիդային խմբերը, որոնք ուղղված են խխունջից դուրս, կարող են ազատ պտտվել, ինչը սիլիկոնային կաուչուկին օժտում է մակերեսային յուրահատուկ հատկություններով, ինչպիսիք են հիդրոֆոբությունը և մակերեսային-չկպչունությունը: